Пилкові зерна складаються з двох основних шарів: зовнішнього (экзины) і внутрішнього (интины). Экзина володіє високою стійкістю до різного роду впливів, зокрема до високої температури і хімічних агентів. Іноді вона складається з трьох підшару: верхнього (эктоэкзины), що становить скульптурну частину оболонки, і середніх (мэкзины і нэкзины). Эктоэкзина здебільшого представлена колонками, які є її основним елементом. Якщо головки колонок не з\’єднуються, вони можуть бути різної форми (кулястої, циліндричної, сплющеної. Сполучені головки утворюють покрив. У пилку багатьох рослин є ще й надпокров.
До надпокровным утворень відносяться різного виду шипи, горбки і т. д. Середня частина колонок, звана стрижнями, утворює стерженьковый шар. Стерженьки розрізняються по товщині від товстих до дуже тонких. Сполучені ніжки колонок утворюють підстильний шар. Мэкзина не завжди присутня. Цей шар, розташований під підстильних шаром, інтенсивно забарвлюються фуксином; він є у пилкових зерен багатьох дводольних рослин. Нэкзина внутрішній шар экзины, зазвичай тонкий, нескульптурный, розташований під підстильних шаром чи часто під мэкзиной. Цей шар не забарвлюються фуксином. Він є у пилкових зерен однодольних і дводольних рослин, але дуже слабо виражений або майже непомітний. Интина складається з двох шарів: зовнішнього (гиалины), що утворює у пилку багатьох дводольних рослин лінзовідние подапертурные потовщення, звані онкусами (рис. 5), і внутрішнього, тісно пов\’язаного з клітинним вмістом. Цей шар називається справжньою интиной.